Кто КЗ искал, в каких местах обычно? Если возможно фотку или подробно объяснить где перетирается?
Визуальный осмотр проводки результатов не дал. Фишку с селектора скидывал, режим S все равно горит.

Здорово. Попробуй от мозгов варика с фишки С скинуть 9 провод (см стр 142). (Судя по расшифровке ошибки книга есть у тебя). Это так, исключить замыкание в самих мозгах. А в других положениях как индикация есть?
По поводу где перетирается, жгут проводов же в оплетку одет, смотри там где она повреждена, там в первую очередь подозрение.

постоянно горит S и мигает D, при этом в других положениях четко загораются нужные лампы.

Какие причины предшествовали такой ситуации (постоянно горит S)? Чей нить ставили, крепили на саморезах, после аварии.
Ну что D мигает это в мозгах прописалась ошибка, вот он и сигнализирует о неисправности. По идее, устранить кз (судя по расшифровке), удалить ошибку из мозгов, мигание D прекратится.
По поводу временного удаления провода С9 из разьема С управления вариком думаю даст ответ что глючит жгут это или нет.
Да и еще как вариант, вынуть разъем С на блоке управления вариком и омметром проверить сопротивление между 9 проводом и корпусом.
Должно быть бесконечность при постановке на Р.